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Nell’attuare i programmi di ricerca sperimentale e clinica il San Matteo ha instaurato una fitta rete di collaborazione con numerosi e prestigiosi Istituti di Ricerca Internazionali, con i quali vengono scambiati ricercatori e condivise ricerche di comune interesse in campo trapiantologico, immunologico, infettivologico, pediatrico, cardiologico, farmacologico e biotecnologico. Numerosi sono anche i progetti di ricerca e le iniziative scientfiche della Comunitą Europea e di altri organismi internazionali (NIH, WHO, Fondazioni, etc.) coordinati da ricercatori del San Matteo o con partecipazione degli stessi.