Il Codice Etico viene spesso definito come la “Carta costituzionale dell’azienda”. In esso infatti vengono enunciati ed esplicitati tutti i diritti e i doveri morali dell’Ente nei confronti dei “portatori di interesse” (dipendenti, fornitori, utenti, ecc…) e viene, contestualmente, definita la responsabilità etico-sociale di ogni protagonista della Fondazione. Il Codice Etico è stato approvato dalla Fondazione IRCCS Policlinico "San Matteo" con Delibera n.2/C.d.A./0039 del 22 ottobre 2009.
Disponibili anche il Codice di comportamento dei dipendenti delle pubbliche amministrazioni e il Codice di deontologia medica, che contribuiscono a definire il quadro normativo di riferimento per il corretto adempimento della prestazione lavorativa presso la Fondazione.