SS Laboratorio di genomica e bio informatica

La mission consiste:

• nel migliorare l’assistenza/cura mediante l’implementazione di tecniche innovative di sequenziamento genomico (next generation sequencing, NGS) per l’identificazione ed il tracciamento in tempo reale di patogeni emergenti e riemergenti e di loro varianti specifiche (inclusi batteri multiresistenti). Accanto alla componente più strettamente di laboratorio (wet lab) la componente bioinformatica (in-silico lab) garantisce analisi avanzate della notevole mole di dati genomici generati in modo da identificare tempestivamente nuove specie patogene o nuovi marcatori genetici di incrementata virurenza/aggressività
• nello sviluppo della ricerca clinica e traslazionale la Struttura riveste un ruolo primario e fondamentale nel tracciamento epidemiologico di patogeni emergenti e riemergenti e nell’identificazione di nuove potenziali varianti ad alto potenziale patogenetico 
• un particolare ambito d’intervento riguarda gli approcci di metagenomica applicati all’identificazione e al monitoraggio di agenti e/o specie patogene per le quali non esistono al momento metodi diagnostici mirati. Tale risorsa è fondamentale e strategica soprattutto nelle fasi iniziali di ogni possibile epidemia da agente non identificato.

È costituita da:

• un laboratorio di Biologia molecolare dedicato al sequenziamento mediante metodiche NGS di genomi virali, batterici, fungini e parassitari e delle loro varianti e sotto-varianti. Inoltre, il gruppo di lavoro è operativo nel campo della Metagenomica (wet lab)
• un laboratorio di Bioinformatica dedicato all’analisi comparativa dei genomi prodotti dalle metodiche NGS o Metagenomica e dalla costruzione di programmi analitici specifici “ad-hoc” (in silico lab).

La Struttura garantisce attività h24, 7/7.

La Struttura garantisce le attività di supporto diagnostico e di monitoraggio per tutta la rete Laboratoristica ed Infettivologica di Regione Lombardia come centro di II livello a contrasto di eventi epidemici da emergenze o riemergenze microbiologiche.
Inoltre, la Struttura garantisce supporto tecnico e di laboratorio al contrasto dell’antibiotico-resistenza.

Specifiche aree di eccellenza riguardano:

• Sequenziamento NGS dell’intero genoma (whole genome sequencing, WGS) di agenti virali e loro varianti, sia individuali che come quasispecie (deep sequencing).
• Sequenziamento NGS dell’intero genoma (whole genome sequencing) di singole specie microbiche 
• Sequenziamento NGS dell’intera popolazione microbica in diversi distretti corporei (microbioma)
• Valutazioni bioinformatiche di filogenesi, filodinamica e filogeografia delle specie patogene.

Attività didattica

• Corso di Laurea Magistrale in Biotecnologie mediche e farmaceutiche.
• partecipazione alla didattica frontale e professionalizzante nella Scuola di Specialità in Microbiologia e Virologia, sia per Medici che per non-Medici
• partecipazione al Master di Diagnostica Microbiologica Avanzata
• partecipazione alla stesura di tesi magistrali nei corsi di Laurea in Medicina e Chirurgia, Biotecnologie mediche e farmaceutiche, Tecnico di Laboratorio Biomedico

Attività di ricerca

Linee di ricerca:

• Epidemiologia molecolare virus respiratori
• Epidemiologia molecolare arbovirus
• Epidemiologia molecolare batteri multiresistenti
• Sviluppo di saggi in metagenomica per l’identificazione di patogeni emergenti e riemergenti