Data Scientist
Il gruppo di Data Scientist della Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo è un insieme interdisciplinare di laboratori e professionisti con competenze complementari in genomica, Intelligenza Artificiale, bioinformatica, analisi di big data clinici e imaging avanzato. Ogni laboratorio contribuisce con expertise specifiche alla ricerca traslazionale, collaborando con clinici, biostatistici e ricercatori per lo sviluppo di studi multicentrici, protocolli sperimentali e strumenti analitici innovativi.
Le principali aree di attività comprendono:
- Sviluppo e applicazione di algoritmi di AI e machine learning su big data clinici, genetici e di imaging.
- Coordinamento e supporto a studi multicentrici federati nella community OHDSI su dati standardizzati secondo OMOP CDM.
- Progettazione di pipeline bioinformatiche per dati NGS e long reads e integrazione di dataset clinici, genetici, di imaging e patologia.
- Implementazione di strumenti di data visualization e modelli predittivi per favorire l’interpretazione dei dati e supportare la ricerca clinica.
I membri del gruppo sono disponibili all'avvio di collaborazioni in progetti di ricerca e per la partecipazione a bandi di finanziamento.
Direzione Scientifica - BERD (Biostatistics, Epidemiology and Research Design)
Nome: Eleonora Fresi, MSc
Contatti: e.fresi@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: AI su big data clinici e studi federati OHDSI/OMOP
Breve descrizione: Ingegnere biomedico specializzato nello sviluppo di tecniche di AI su big data clinici, con esperienza nell’applicazione di modelli predittivi e algoritmi ML per la caratterizzazione di coorti di pazienti. In collaborazione con i biostatistici dell’unità BERD, supporta i ricercatori nell’ideazione di progetti e protocolli di studio da sottomettere ai comitati etici e nella gestione dei database in REDCap. Referente per studi multicentrici federati nella community OHDSI su dati standardizzati secondo OMOP CDM.
Laboratorio Centro Malattie Genetiche e Cardiovascolari
Nome: Mario Urtis, MSc, PhD
Contatti: m.urtis@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Bioinformatica e analisi di dati genetici e clinici
Breve descrizione: Responsabile del gruppo di analisi di dati del centro mattie genetiche cardiovascolari. Ingegnere biomedico specializzato in analisi di dati genetici, bioinformatica e applicazioni di intelligenza artificiale. Esperto in sviluppo di pipeline analitiche per dati di sequenziamento NGS e analisi di correlazione tra dati genetici, dati clinici, dati di imaging e dati di patologia in ambito cardiovascolare.
Nome: Michela Ferrari, MSc, PhD candidate
Contatti: m.ferrari@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: AI per imaging avanzato
Breve descrizione: Ingegnere biomedico specializzata nell’analisi di dati di imaging cardiovascolare. Esperta nello sviluppo di sistemi di deep learning per la manipolazione e la ricostruzione di strutture anatomiche. Competente nell’analisi avanzata di immagini provenienti da diverse piattaforme diagnostiche. Esperienza consolidata su TC coronarica, risonanza magnetica cardiaca, ecocardiografia e OCT intracoronarico.
Nome: Antonio Tescari, MSc
Contatti: a.tescari@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Bioinformatica e analisi di dati NGS long reads
Breve descrizione: Ingegnere biomedico specializzato nell’analisi di dati NGS a long reads. Focalizzato sullo sviluppo di pipeline bioinformatiche per l'analisi, la manipolazione e l’interpretazione dei dati di sequenziamento di terza generazione (Oxford Nanopore Sequencing).
Nome: Francesca Sessa, MSc
Contatti: f.sessa@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Analisi di dati Imaging
Breve descrizione: Ingegnere biomedico specializzata nell’analisi di dati di imaging cardiovascolare. Focalizzata sui sistemi analitici per l’estrazione e la ricostruzione di strutture anatomiche da immagini diagnostiche. Esperta nell’integrazione tra dati di imaging e informazioni genetiche per studi di correlazione.
Nome: Edward Francisco Buccieri, BSc
Area di specializzazione: AI in digital pathology
Breve descrizione: Matematico specializzato nello sviluppo di sistemi di intelligenza artificiale per la radiomica applicata alla digital pathology in ambito cardiovascolare. Dedicato alla progettazione e implementazione di modelli di deep learning per l’analisi di immagini istologiche. Focalizzato sulla classificazione automatizzata di casi di rigetto cellulare in biopsie endomiocardiche.
SC Microbiologia e Virologia
Nome: Stefano Gaiarsa, MSc, PhD
Contatti: s.gaiarsa@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Genomica microbica, sviluppo metodi e pipeline bioinformatiche
Breve descrizione: Ricercatore con consolidata esperienza nell’ambito della genomica dei microrganismi. Aree di interesse: epidemiologia genomica dei batteri multiresistenti e causa di infezioni nosocomiali, evoluzione del genoma batterico, sviluppo di metodologie bioinformatiche e approcci di sequenziamento di seconda e terza generazione. Altre competenze: gestione informatica di Workstation e HPC.
Nome: Greta Petazzoni, MSc, PhD candidate
Contatti: g.petazzoni@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Bioinformatica e analisi di dati NGS
Breve descrizione: Biologa con specializzazione nell’analisi di dati di sequenziamento NGS, con particolare focus sulla caratterizzazione genomica di isolati batterici multiresistenti e delle comunità microbiche. Consolidata esperienza in statistica, gestione di big data sanitari, e applicazione di algoritmi di machine learning a dati di sequenziamento per l’identificazione di pattern complessi. Competente nello sviluppo di pipeline per l’automatizzazione dei flussi di analisi.
Nome: Greta Romano, MSc, PhD
Contatti: g.romano@smatteo.pv.it
Area di specializzazione: Microbiologia e Virologia, Bioinformatica e analisi di dati di sequenziamento
Breve descrizione: Biologo specialista in Microbiologia e Virologia, con dottorato in Sistemi Complessi per le Scienze della Vita. Esperto nel tracciamento dell’origine e della diffusione di arbovirus, virus respiratori e virus emergenti mediante dati genomici ottenuti da sequenziamento NGS. Consolidata esperienza nella validazione di pipeline bioinformatiche per modelli evolutivi e programmi di sorveglianza genomica, nonché nella caratterizzazione molecolare dei virus.
Nome: Gherard Batisti Biffignandi, MSc, PhD
Contatti: g.batistibiffignandi@smatteo.pv.it
Breve descrizione: Bioinformatico specializzato in epidemiologia genomica ed evoluzione di patogeni nell'ambito della microbiologia clinica. Aree di interesse focalizzate in filogenomica/filodinamica, analisi di pangenoma, metodi statistici e di machine learning applicata ad analisi-omiche e di metadati clinici, sviluppo di pipeline per analisi epidemiologiche.